每当九州大陆发生变革之时，必定有继承轩辕斗魂者出现。
——神矶子·《九洲志》
生命之道，大道至简。自第二次无量量界过后，巫族和妖族逐渐退出了人们的视线，而人族成为了洪荒大陆的主导。之后伏羲定八卦、神农尝百草，分居人界天皇、地皇。千万年间，人间再无征战，一片欣欣向荣。
直至人皇轩辕时期，恰逢具有盘古元魂的蚩尤重生于九黎部落。经过历时百年的旷世之战后，最终轩辕将蚩尤的魔军封印在九州大地之下。
随著历史齿轮的转动，封印之力逐渐的衰退，黑暗势力在九州疆土上蠢蠢欲动，等待著迎接魔帝的再次君临。
而另一方面，众神虽然竭力修复封神之战后的洪荒世界，但仍有顾及不到或能力之外的事。随着天界的成立，众神逐渐的离开人间界，人间出现了一种奇异的现象——灵灾。洪荒大陆上会随机出现扭曲空间，并通过灵灾投射出上古时期的凶恶物种。
九州之上再无净土。为了寻求轩辕黄帝留下的真武之魂，对抗邪恶，驱散灵灾，勇士们纷纷踏上征程。
在草长莺飞 的九州大陆上，新一代的真武大帝即将诞生……
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